Основные принципы системы обучения в школе-интернате были заложены ее основателями А.Н. Колмогоровым и И.К. Кикоиным.

Система обучения университетская. Учебный год разбит на два семестра, по окончанию каждого из которых учащиеся сдают зачеты и экзамены. В семестре для учащихся читаются лекции, проводятся практические занятия.

Учебный план и программы курсов разрабатываются методической комиссией и утверждаются Ученым Советом. Программы составляются с учетом тенденций в развитии современной науки. Необходимо заметить, что вплоть до конца 80-х годов в школе-интернате имелась только физико-математическая специализация. Вместе с бурным развитием компьютерной техники возникло компьютерно-информационное направление. В это же время был организован химический класс. Достижения генной инженерии последних лет привели к созданию в МГУ факультета биоинженерии и биоинформатики (ФББ). Поэтому же Ректором и Деканом ФББ в 2003 году было инициировано создание биологической специализации в нашей школе.

Помимо основных занятий каждый учащийся обязан участвовать в работе двух кружков или специальных курсов, которые проводятся после основных занятий. Из более сорока дополнительных занятий каждый может выбрать те, которые ему по душе. Приветствуется, если одно из этих занятий будет гуманитарной направленности. Учеников нужно не только учить, нужно формировать их мировоззрение, их гражданскую позицию.

Процесс общения способных школьников не должен заменять напряженную самостоятельную работу. Поэтому в школе создана система самоподготовки. Курируют самоподготовку, как правило, студенты – выпускники нашей школы, которых мы называем помощниками воспитателей. Самоподготовка проходит в отведенное время – два часа до ужина в классах и один час после ужина в комнатах общежития.

С целью проверки усвоения материала дважды в год (перед окончанием первой и третьей четвертей) по профильным предметам и русскому языку проводятся административные контрольные работы. Учащимся, получившим неудовлетворительную отметку по результатам одной из административных работ, выносится взыскание. Если в ближайшую сессию этот ученик снова получит неудовлетворительную отметку, то он может быть отчислен из школы-интерната и переведен в школу по месту жительства для получения среднего образования. Такая система эффективно стимулирует школьников к систематическому изучению школьной программы.

Вовлечение каждого ученика в творческую работу – один из основных принципов учебного процесса нашей школы-интерната. А.Н. Колмогоровым и И.К. Кикоиным были созданы математический и физический практикумы, где знание теорем и законов усваивается благодаря изготовлению различных конструкций собственными руками. Массовое творчество – не единственный способ привлечения к исследовательской деятельности. В школе-интернате создана система подготовки к олимпиадам самого высокого уровня по математике и информатике. Отбор «олимпиадников» осуществляется в летней и зимней олимпиадных школах, проводимых математиками школы-интерната В.З. Шаричем и А.А. Пономаревым, а также заведующей кафедрой информатики Е.В. Андреевой. В дальнейшем учеников, прошедших отбор, дважды в неделю ждет кружок и систематические поездки на соревнования. Благодаря существующей системе подготовки в последние годы заметно выросли результаты выступления учащихся школы-интерната на олимпиадах самого высокого российского и международного уровня.

Благодаря активной работе учителей В.В. Вавилова, С.Н. Сергеева, В.В. Загорского, М.Г. Сергеевой, И.Н. Фалиной и многих других ежегодно учащимися школы выполняется несколько десятков творческих работ, с докладами о которых они выступают на российских и международных конференциях, занимая высокие места. Ежегодно в мае школа-интернат проводит свою конференцию «Колмогоровские чтения», приглашая около 150 гостей из других школ России. Целью этой конференции является подведение итогов творческой деятельности школы-интерната и сравнение ее с аналогичной деятельностью в других школах. Координатором этой конференции является заместитель директора по дополнительным образовательным программам З.В. Савилова.

Одним из основных критерием для оценки эффективности работы школы-интерната является уровень подготовки выпускников к поступлению в МГУ и другие ведущие вузы. Ежегодно около 85 процентов выпускников поступают на факультеты МГУ. Большая часть из них становятся победителями олимпиад и получают наивысшие баллы в качестве результата вступительных экзаменов. Ежегодно лучшим учащимся Ученый Совет разрешает засчитать оценки выпускных экзаменов, полученные в школе-интернате, в качестве оценок вступительных экзаменов. Безусловно, это стимулирует учебный процесс, но мы не стремимся к массовому использованию этой возможности.

15 процентов выпускников продолжают свое обучение в других ведущих вузах страны.

Учебный процесс в школе курируют заместитель директора по учебно-воспитательной работе А.И. Кухта и заведующая учебной частью В.И. Стукалова